Naturen i ørkenen er meget speciel, og området karakteriseres af myndighederne under fredningssagen som et naturområde af national betydning.
Det er endvidere specielt, at naturområdet udgør en meget stor andel af øens areal.
Introduktion
Hovedformålet med fredningen er ud fra videnskabelige, undervisningsmæssige og landskabelige hensyn at bevare områdets ørkenagtige karakter. Fredningsafgørelsen indeholder derfor bl.a. forbud mod bebyggelse og beplantning og mod opstilling af telte og giver fredningsmyndighederne ret til at foretage landskabspleje
Landskabet
Øens vestlige bakkeland står i skarp kontrast til det østlige, vidtstrakte klitlandskab – ørkenen.
Det meget forskelligartede landskab skyldes, at øen landskabsgeologisk falder i to forskellige hovedenheder: Bakkerne i vest er opstået i glacialtiden, mens ørkenen i øst er en postglacial strandvoldsslette. Bakkelandskabet er den sidste tilbageværende erosionsrest af noget, der oprindeligt var betydeligt større. I fastlandstiden stod havet meget lavere end i dag, og Anholt var landfast med Jylland. Da den sidste istids iskappe smeltede tilbage, skabtes sammen med den samtidige havstigning Stenalderhavet og dermed også øen Anholt, som dengang kun bestod af bakkelandet i vest. Siden Jægerstenalder er der sket en landhævning på 10 m, hvorved Anholt langsomt er blevet større, og Ørkenen dannet.
Plantelivet
Vegetationen i den østlige del af Ørkenen er meget sparsom, præget af mosser og en række lavarter . Langs den sydlige del af Ørkenen er adskillige fugtige partier, der har karakter af hedemoser med krybende pil, mosebølle, pors og tranebær, og i den sydvestlige del er plantevæksten domineret af revling. I den vestlige del af Ørkenen var arealerne på fredningstidspunktet (1980) i stigende grad blevet præget af selvsået fyrrebevoksning, som krævede indgriben med plejeforanstaltninger. I det hele taget skal fredningen ses på baggrund af. at Anholts særprægede og sårbare natur stiller særlige krav til beskyttelse og pleje.
Ture og seværdigheder
Man må færdes til fods overalt i ørkenen.
